1942-ci ildə, ikinci dünya müharibəsinin ən qızğın dövründə, milliyyətçi Almaniya ilə döyüşən Avropa ölkələri hökumətləri və onların müttəfiqləri Böyük Britaniyada müttəfiq ölkələrin təhsil nazirlərinin konfransında toplaşırlar. Müharibənin bitməsinə uzun bir zaman qalmasına baxmayaraq, artıq ölkələri sülhün bərqərar olmasından sonra təhsil sisteminin bərpa olunması məsələsi düşündürür. Qısa bir müddət ərzində layihə ümumdünya miqyası alır. Yeni-yeni dövlətlər, həmçinin ABŞ layihədə iştirak etmək istəklərini bildirirlər.

1-16 noyabr 1945-ci il BMT-nin təhsil və mədəniyyət məsələləri üzrə təşkilatın yaranması ilə bağlı 40 dövlətin təmsilçilərinin iştirakı ilə konfrans keçirilir. Fransa və Birləşmiş Krallığın təklifi ilə, dünya mədəniyyətinin bərqərar olunmasına xidmət edən təşkilatın yaranması ilə bağlı qərar qəbul olunur. Yeni təşkilatın məqsədi - “Bəşəriyyətin intellektual və əxlaqi həmrəyliyinin” təmin olunmasına xidmət etmək və yeni dünya müharibəsinin başlanmasına yol verməmək idi.

16 noyabr 1945-ci ildə BMT-nin Elm, Təhsil və Mədəniyyət məsələləri üzrə (UNESCO) təşkilatının nizamnaməsi 37 dövlət tərəfindən imzalanır və 4 noyabr 1946-cı ildə 20 dövlət tərəfindən ratifikasiya edildikdən sonra qüvvəyə minir: Avstraliya, Braziliya, Yunanıstan, Danimarka, Dominikan Respublikası, Misir, Hindistan, Kanada, Çin, Livan, Meksika, Yeni Zelandiya, Norveç, Səudiyyə Ərəbistan, Amerika Birləşmiş Ştatları, Birləşmiş Krallıq, Türkiyə, Fransa, Çexoslovakiya və Cənubi Afrika Respublikası.

Baş konfransın birinci sessiyası 19 noyabr-10 dekabr 1946-cı ildə Parisdə keçirilir. Orada səsvermədə iştirak etmək hüququ olan 30 hökumətin nümayəndələri iştirak edir. UNESCO da  BMT kimi ikinci dünya müharibəsinin ağır sınaqları nəticəsində yaranmışdir və bunu yaradıcı dövlətlərin siyahısı əyani surətdə təsdiq edir. Yaponiya və Almaniya Federativ Respublikası 1951-ci ildə təşkilatın üzvü olmuşdular, İspaniya isə 1953-cü ildə. UNESCO-nun fəaliyyətinə soyuq müharibə və SSRİ-nin dağılması kimi mühüm tarixi hadisələr təsirsiz keçmədi. SSRİ 1954-cü ildə UNESCO-nun üzvü olmuş, 1992-ci ildə isə onun hüquqi varisi Rusiya Federasiyası olmuşdur. 1960-cı ildə təşkilatın tərkibinə 19 Afrika dövləti daxil oldu. SSRİ-nin dağılmasından sonra 1991 – 1993-cü illər ərzində 12 keçmiş Sovet İttifaqı Respublikası UNESCO-nun üzv dövlətləri oldular.

1971-ci ildən Çin Xalq Respublikası Çinin UNESCO-da yeganə təmsilçisidir. 1990-cı ildə Almaniya Federativ Respublikasının Almaniya Demokratik Respublikası ilə birləşməsi baş verdi, hansı ki 1972-ci ildən UNESCO-nun üzv dövləti idi.

Bəzi ölkələr siyasi düşüncələrdən UNESCO-nun sıralarını müəyyən dövrlərdə tərk etmələrinə baxmayaraq , bu gün yenə də UNESCO-nun sıralarındadırlar: Cənubi Afrika 1985-ci ildən 2003-cü ilədək , ABŞ 1985-ci ildən 2003-cü ilədək, Birləşmiş Krallıq və Şimali İrlandiya 1986-ci ildən 1997-ci ilədək və Sinqapur 1986-cı ildən 2007-ci ilədək UNESCO-da təmsil olunmayıblar.

UNESCO-nun əsas sələfləri olmuşlar: 

•    İntellektual əməkdaşlıq məsələləri üzrə Millətlər Liqasının Xüsusi Komitəsi, Cenevrə, 1922 – 1946-cı illər və onun icraedici müəssisəsi – Beynəlxalq intellektual əməkdaşlıq institutu, Paris, 1925 – 1946-cı illər;

•    Beynəlxalq Maarif Bürosu, Cenevrə, 1925 – 1968-ci illər; BMB 1969-cu ildən öz nizamnaməsi olan UNESCO katibliyi strukturunun bir hissəsidir.