Qarabağlar şəhəri Naxçıvanın ən qədim mədəniyyət mərkəzlərindən biri olmuşdur. Kiçik Qafqaz silsiləsinin qocaman Araza enib gəldiyi çox əlverişli və səfalı ərazisində yerləşən Qarabağlar şəhərinin orta əsrlərdə Azərbaycanın mühüm ictimai-iqtisadi, siyasi mərkəzlərindən biri olması yazılı məxəzlərdən bilinir. Digər tərəfdən, burada olan möhtəşəm memarlıq abidələri - türbə və minarələr XII-XIV əsrlərdə Qarabağların böyük şəhər olduğunu sübut edir.

Qarabağlar şəhəri, onun ictimai həyatı burada olmuş bir sıra görkəmli səyyah, tarixçi və coğrafiyaşünasın diqqətini cəlb etmişdir. Bu şəhər və onun abidələri haqqında E.Çələbi, Moryer, Şopen, Xanıkov və başqaları məlumat vermişlər. Kompleks şəklində olan Qarabağlar abidələrinə türbə, qoşa minarə və onların arasında yerləşən dini binanın qalıqları daxildir. Bədii fikir tamlığı, memarılq formalarının bitkinliyi, konstruktiv cəhətdən məntiqliyi və rəngarəng dekorativ bəzəyinin zənginliyi ilə fərqlənən bu gözəl ansambl bir sıra Azərbaycan tədqiqatçılarının da diqqətini cəlb etmişdir. 

1939-1940-cı illərdə ansamblın tikintiləri üzərində aparılan tədqiqat və arxeoloji işlər nəticəsində abidənin ölçüləri hazırlanmış və onun tərkibinə daxil olan binalar müəyyənləşdirilmişdir. Türbə və onun yaxınlığında yerləşən, yalnız baştağ vasitəsilə bir-biri ilə birləşən minarələr arasında əvvəllər məlum olmayan tikintilərin qalıqları tapılmışdır. Minarələrlə əlaqəli olan bu qalıqları qalmış binanın, adətən müqəddəs sayılan şəxslərin qəbri yaxınlığında tikilən Xanəgah olduğunu tədqiqatçılara söyləməyə imkan verir. Müvafiq kitabələr dağıldığına görə kompleksin inşa tarixini dəqiq müəyyən etmək mümkün deyildir. 

Türbə iki hissəlidir: aşağı hissəsi sərdabə, yuxarı isə yerüstü kameradan ibarətdir. Yerüstü hissə özünün Qarabağlar türbəsi quruluşu etibarilə son dərəcə maraqlıdır. Daş kürsülük üzərində yerləşən türbənin gövdəsi on iki yarımsilindrik birləşmələrdən əmələ gəlir ki, bu da bütün quruluşa xüsusi bir əzəmət verir. Qarabağlar türbəsinin təhlili göstərir ki, gövdə səthinin belə yarımsilindrik çıxıntılarla işlənməsi yalnız bədii dekorativ əhəmiyyətə malik olmayıb, eyni zamanda, mühəndis quruluşu cəhətdən də əhəmiyyətlidir. Bir-biri ilə birləşmiş on iki yarımsilindrik çıxıntı divarın ümumi həcmini azaltmaqla bərabər, eyni zamanda, türbəyə bir qala görkəmi də verir. Əsas oxlar üzərində yerləşib, dörd coğrafi səmtə cəhətlənən giriş yerləri türbəni dörd bərabər hissəyə bölür. Binanın bütün səthlərində xırda şirli yaşıl kərpiclərdən çəkilmiş üzlük qırmızımtıl kərpic fon üzərində onun səthini böyük kvadratlara bölür. Çəpinə qoyulmuş belə kərpiclərdən isə romblar əmələ gəlmişdir. Kvadratların hər birinin içərisində isə iri yaşıl kərpiclərlə «Allah» və «bismillah» sözləri yazılmışdır. Türbənin qülləsi səkkizbucaqlı postament kürsü üzərində qurulmuşdur. Kürsü yerli ağ daşdan hörülmüşdür. Daşlara xaricdən üzlük çəkilmişdir. Qüllənin hündürlüyü 16 metrdir. Türbənin sərdabəsi 3x2 metr olan otaqdan ibarətdir. Binanın yuxarı günbəzi dağılmışdır. Aparılan tədqiqatlar onun vaxtilə konusşəkilli olduğunu güman etməyə imkan verirdi, məhz elə buna görə də onun bərpa layihəsində günbəz bu şəkildə verilmişdir. Türbənin divarları bütünlüklə rəngarəng kaşı ilə örtüldüyündən, uzaqdan əlvan xalçaya bənzəyir. Türbənin üstündə, geniş kəmərin göy rəngli fonu üzərində yazı vardır. 1926-cı ildə türbənin kitabəsini oxumuş İ.Əzimbəyovun qeydinə görə o, türbənin cənub tərəfində yazının qalıqlarını görmüşdü ki, burada da hicri tarixi ilə 778-ci il (miladi 1376) göstərilmişdi. Hal-hazırda kəmərin üzərindəki həmin yazı çox yerlərdən tökülmüşdür. İ.Əzimbəyovun məlumatının dəqiqliyini müəyyən etmək qeyri-mümkündür. Ümumiyyətlə, burada vaxtilə olan yazıların əksəriyyəti tökülüb dağılmışdır və ancaq az bir hissələri bizim zəmanəmizə qədər gəlib çıxmışdır. Araşdırmalardan məlum olmuşdur ki, Qarabağlar kompleksindəki Qoşa minarəni birləşdirən Baştağ Hülakü xanın arvadı Qutuy xatunun şərəfinə inşa olunmuşdur. Türbədən təxminən 30 metr aralıqda iki yüksək minarə ucalır ki, bunların hündürlüyü 17 metrə qədərdir. Minarələrin aşağı hissələrində kvadratşəkilli bünövrə düzəldilmişdir. Minarənin səthində yaşıl rəngli kaşi çəkilmiş kərpiclərdən bəzəklər yaradılmışdır. Hər iki minarənin içərisində dolama pilləkənlər vardır. Minarələrin də üzərində kitabə vardır ki, onların XII əsrdə yazılmasına dair fikir söylənilir.

Türbə “Naxçıvan Məqbərələri” tərkibində 30 sentyabr 1998-ci ildən UNESCO-nun Təcili Qorunmaya Ehtiyacı olan Maddi-Mədəni İrsin İlkin siyahısına daxil edilmişdir.

Qarabağlar Türbə Kompleksinin xalqımızın maddi-mədəniyyət abidələri arasında tarixi mövqeyini, dünya əhəmiyyətli abidə olmasını nəzərə alan Naxçıvan Muxtar Respublikası Ali Məclisinin Sədri Vasif Talıbov 2016-cı il 4 iyul tarixdə “Qarabağlar Türbə Kompleksinin bərpa və tədqiq olunması haqqında” Sərəncam imzalamışdır. Bu Sərəncamdan irəli gələn vəzifələrə uyğun olaraq abidələr ən yüksək səviyyədə bərpa edilir, ilkin gözəlliyinə qaytarılır.