Ordubad Azərbaycanın qədim yaşayış məskənlərindəndir. Onun salındığı tarix dəqiq məlum deyildir. Ordubad adına ilk dəfə XII yüzillikdə fars, türk, gürcü, Avropa mənbələrində rast gəlinmişdir. Yazılı məlumata görə Ordubadda çoxlu meyvə bağları mövcud olmuş, əhali ən çox ipəkçiliklə məşğul olmuşdur.

Yaxın və Orta Şərq ölkələri ilə ticarət etmişlər. I Şah İsmayılın hakimiyyəti dövründə yerli feodal Məlik Bəhram Ordubadın kələntəri təyin edilmişdir. I Şah Abbasın (1587-1629) baş vəziri təyin edilən Hatəm bəy Ordubadi ölkənin maliyyə və mülki işlərində mühüm rol oynamışdır. Osmanlı qoşun dəstələrinin başçısı Cəfər Paşa 1588-ci ildə Ordubadı ələ keçirdi. Səfəvi ordusu Ordubad şəhəri üzərinə hücuma keçən zaman xalq şah orduları gələnə qədər Osmanlı ordularına qarşı ciddi müqavimət göstərmişdi. Buna görə də Şah Abbas Ordubad əhalisini hər cür vergilərdən azad etmişdir. Bu şəhərin inkişafına, sənətkarlığın, ticarətin mədəni həyatın yüksəlişinə çox böyük köməklik göstərmişdir. Dulusçuluq, həkkaklıq, toxuculuq, ağac işləmə inkişaf etdi. 

XVIII yüzilliyin II yarısında Ordubad mahal mərkəzi kimi Naxçıvanın tərkibinə daxil oldu. 1828-ci ildə Naxçıvanın tərkibində Rusiyaya tabe edildi. Hal-hazırda da Naxçıvan MR ərazisində Ordubad rayonunun mərkəzidir. Ordubad özünün meyvələri, tarixi abidələri ilə indi də məşhurdur. XVII yüzilliyin əvvəllərində Cümə məscidi, mədrəsə, buzxana, zorxana, hamam və karvansaralar tikilmişdir. Mənbələrə görə Ordubadda rəsədxana olmuşdur. Onun su sistemi olan kəhriz o dövrdə yaradılmış, indi də qalmaqdadır. XVIII yüzillikdə Evaz türbəsi, Sərşəhər məscidi, Dilbər məscidi qalmaqdadır. Zorxana təmir edilmişdir. Ordubad rayonunda olan bütün tarixi abidələr təmir olunur və öz əvvəlki görkəmlərinə qaytarılır. Ordubad şərqin ən böyük riyaziyyatçısı, alimi və astroloqu Nəsirəddin Tusinin, Azərbaycanın görkəmli yazıçısı Məmməd Səid Ordubadinin, və bir çox alimlərin, o cümlədən görkəmli kimyaçı Yusif Məmmədəliyevin vətənidir.

Ordubad Tarixi Şəhər kimi 24 oktyabr 2001-ci ildə UNESCO-nun Təcili Qorunmaya Ehtiyacı olan Maddi-Mədəni İrsin İlkin siyahısına daxil edilmişdir.